Η ιστορία του ιερού της Παφίας Αφροδίτης ανάγεται σε πολύ παλιούς χρόνους. Υπάρχουν δύο παραδόσεις για την ίδρυσή του. Κατά τον Παυσανία, ο ναός της Αφροδίτης κτίστηκε από τον Αγαπήνορα, ο οποίος επιστρέφοντας στην πατρίδα του, από την Τροία , παρασύρθηκε από τρικυμία στις ακτές της Κύπρου. Ένας άλλος μύθος αποδίδει την ίδρυση του ναού στον παροιμιώδη για τον πλούτο του Κύπριο βασιλέα Κινύρα, τον πατέρα του Άδωνη, που ζούσε ακόμη υπέργηρος την εποχή του Τρωϊκού πολέμου. Από αυτόν καταγόταν και ο βασιλικός οίκος της Πάφου.

Ο χώρος που κάποτε κάλυπτε ο ιερότερος ναός της Αφροδίτης και το Τέμενος, εκτείνεται από τις νοτιότατες κατοικίες του χωριού έως το Τσιφλίκι (Αγρέπαυλη). Επειδή το Ιερό ήταν ένα από τα μεγαλύτερα θρησκευτικά κέντρα του αρχαίου κόσμου, τα κτίσματά του και οι ιεροτελεστίες αναφέρονται συχνά από κλασσικούς συγγραφείς.

Οι παραστάσεις της θεάς δεν ήταν ανθρωπόμορφες. Το σύμβολό της ήταν ένας κωνικός λίθος που βρέθηκε στο χώρο του ιερού, και σήμερα εκτείθεται στο Μουσείο Παλαίπαφου. Κατά τις μεγάλες γιορτές, τον ιερό αυτό λίθο άλειβαν με λάδι. Ο κυρίως βωμός, όπου επιτρέπονταν μόνο προσφορές θυμιάματος και πυρός, βρισκόταν στο ύπαιθρο, χωρίς να βρέχεται ποτέ από τη βροχή. Η ιερή πορνεία λέγεται ότι αποτελούσε μέρος των ιεροτελεστιών του ναού.

Το Ιερό της Παλαίπαφου δεν ήταν αντιπροσωπευτικός τύπος παραδοσιακού Ελληνικού ναού, αλλά ιερό ενός τύπου στην Ανατολική Μεσόγειο: ένας μεγάλος περίβολος που περιέκλειε, εκτός από πολυάριθμα αφιερώματα και άλλα μνημεία θρησκευτικού χαρακτήρα, ένα μόνο μικρό κτιστό ιερό. Ρωμαϊκά νομίσματα απεικονίζουν το ναό της Πάφου ως τριμερές ιερό με κωνικό είδωλο στο κεντρικό τμήμα. Ο τύπος του τριμερούς ιερού έχει ανάλογα δείγματα στην αρχιτεκτονική της Μινωικής Κρήτης, αλλά απαντάται και στην Εγγύς Ανατολή.

Η ανασκαφή των κτισμάτων του Ιερού, έδειξε ότι είχαν υποστεί σοβαρές ζημιές στη διάρκεια των περασμένων αιώνων. Είχε εγκαταλειφθεί από τα τέλη του 4ου αιώνα μ.χ. ως ένα από τα κυριότερα ειδωλολατρικά ιερά, και τα ερείπιά του έγιναν χώρος λατόμευσης για την ανέγερση διυλιστηρίου ζάχαρης στον ίδιο χώρο. Η καλλιέργεια ζαχαροκάλαμου στις παραλιακές πεδιάδες της δυτικής Κύπρου ήταν επικερδής κατά το 15ο και το 16ο αιώνα. Η φυτεία στα Κούκλια αποτελούσε Βασιλική κτήση, προσαρτημένη στην Αγρέπαυλη. Από τις εγκαταστάσεις διύλισης της ζάχαρης, που κάποτε κάλυπταν ολόκληρο το χώρο, ορισμένα τμήματα μόνο σώζονται σήμερα: κατάλοιπα μαγειρικών εγκαταστάσεων στην αυλή του Ιερού ΙΙ (εδώ η ρευστή ζάχαρη βραζόταν μέσα σε χάλκινους λέβητες πάνω σε τετράγωνες εστίες κτισμένες σε συμμετρικές σειρές), πολυάριθμες λαξευτές υδατοδεξαμενές (ως επί το πλείστον έχουν καλυφθεί ξανά εκτός από μια μεγάλη δεξαμενή στα ανατολικά της Νότιας Στοάς), και ίχνη του συστήματος υδατοπρομήθειας. Θεμέλια ενός μεσαιωνικού υδραγωγείου διατηρούνται στην Αυλή. Aπ’ εδώ οδηγούσε, περνώντας από τη νοτιοανατολική γωνιά της Αγρέπαυλης, κάτω στην παραλιακή πεδιάδα ανατολικά του Διάρριζου, όπου τροφοδοτούσε δύο εν μέρει σωζόμενους μύλους για τη σύνθλιψη του ζαχαροκάλαμου.

Τα σωζόμενα αρχαία κατάλοιπα στο χώρο του ναού αποτελούν δύο συμπλέγματα κτισμάτων: το Ρωμαϊκό Ιερό ΙΙ στα Βόρεια, που ξαναχτίστηκε μετά το σεισμό του έτους 77 μ.Χ., και το ιερό Ι της Ύστερης Εποχής του Χαλκού στα νότια του Ιερού ΙΙ, που είχε ανεγερθεί ως το πρώτο μνημειώδες ιερό γύρω στα 1200 π.Χ.

Μπαίνοντας από τη μεριά του χωριού, ο επισκέπτης πρώτα βλέπει στα αριστερά του το Ιερό ΙΙ. Δύο επιμήκεις αίθουσες στα Βόρεια και στα Νότια και μια Ανατολική Πτέρυγα με αρκετά ορθογώνια δωμάτια περικλείουν μια ευρύχωρη υπαίθρια αυλή. Μια δίοδος πλάτους 5.50 μέτρων, που αρχικά μπορεί να ήταν καμαροσκέπαστη, οδηγεί στην αυλή από ανατολικά. Όλα τα ίχνη της Δυτικής Πτέρυγας του Ρωμαϊκού κτιρίου έχουν εξαφανιστεί από μεσαιωνικές και νεώτερες κατασκευές.

Στη λιθοδομή των Ρωμαϊκών τοίχων περιλαμβάνονται πολλές ογκώδεις πελεκητές πέτρες από ασβεστόλιθο του τύπου που χρησιμοποιήθηκαν στο Ιερό Ι. Ένας μεγάλος μονόλιθος αυτού του είδους σημαδεύει τη νοτιοδυτική γωνία της Βόρειας Στοάς. Το δάπεδο της Βόρειας Στοάς ήταν άλλοτε καλυμμένο με ψηφιδωτό από ακατέργαστες ψηφίδες, αλλά ελάχιστα τμήματα διατηρούνται. Σε συνέχεια της Βόρειας Στοάς, προς την πλευρά του χωριού υπάρχει ένα κτίριο με τρία δωμάτια και μπροστά του δάπεδο καλυμμένο με ασβεστολιθικές πλάκες. Φαίνεται ότι είχε κτιστεί ταυτόχρονα με το Ρωμαϊκό Ιερό και μπορεί να χρησίμευε ως μνημειώδης είσοδος για τους προσκυνητές που έφθαναν από το δρόμο της Νέας Πάφου στο ιερό Τέμενος. Όταν αυτή η ‘Βόρεια Αίθουσα’ ξανακτίστηκε κατά την Υστερορωμαϊκή περίοδο, ένα από τα δωμάτιά της διακοσμήθηκε με ψηφιδωτό δάπεδο με αυστηρό γεωμετρικό σχέδιο.

Είναι πολύ δύσκολο να επιχειρήσει κανείς λεπτομερειακή αναπαράσταση αυτών των Ρωμαϊκών κτισμάτων, παρά το γεγονός ότι έχουν βρεθεί πολλά θραύσματα αρχιτεκτονικών μελών της περιόδου . Πάντως, για το αρχικό αρχιτεκτονικό σχέδιο της Νότιας Στοάς μπορούμε να σχηματίσουμε μια αρκετά ακριβή εικόνα. Αυτή η επιμήκης αίθουσα δεν είχε εσωτερικά χωρίσματα. Ένας χαμηλός εσωτερικός τοίχος με προεξοχές, που προφανώς στηρίζουν καθίσματα, περιέβαλλε ψηφιδωτό δάπεδο αρχικών διαστάσεων 56Χ11 μέτρων. Ένα μικρό τμήμα του μόνο, με περίτεχνα γεωμετρικά σχέδια, διατηρείται στο δυτικό άκρο του κτιρίου. Το διάστημα μεταξύ του εσωτερικού και των εξωτερικών τοίχων είχε γεμιστεί και σχημάτιζε υπερυψωμένο διάδρομο, ύψους περίπου 0.80 μέτρων, απ’ όπου το ψηφιδωτό δάπεδο κάτω, ήταν προσιτό με σκαλοπάτια. Στον κεντρικό άξονα, μια σειρά δωρικών κιόνων με τετράγωνες βάσεις, στήριζαν την οροφή.

Το Ιερό Ι έχει διαφορετικό προσανατολισμό από το Ιερό ΙΙ. Μεγάλο μέρος της ανωδομής του και ολόκληρο το νοτιοανατολικό τμήμα του είχαν καταστραφεί κατά το Μεσαίωνα, διατηρείται όμως αρκετά για να δείξει ότι αυτό το αρχαιότατο μνημειώδες ιερό της Αφροδίτης απαρτιζόταν από δύο στοιχεία: ένα υπαίθριο Τέμενος και μια στεγασμένη Αίθουσα. Η περιοχή του Τεμένους περιβαλλόταν από τοίχο κτισμένο με πελώριες πέτρες από ασβεστόλιθο, από τον οποίο διατηρούνται η δυτική πλευρά και τμήμα της νότιας. Ένα ανεξήγητο στοιχείο του τοίχου του Τεμένους είναι βαθιές ακανόνιστες τρύπες στους ογκόλιθους. Οι τρύπες αυτές δεν μπορεί να είχαν οποιαδήποτε χρήση κατά τη μεταφορά ή τον χειρισμό των ογκόλιθων. Απέναντι από την είσοδο στο δυτικό τοίχο, απ’ όπου σκαλοπάτια οδηγούν κάτω στο Τέμενος, αποκαλύφθηκε μια πλάκα με κοίλωμα κάτω από Ρωμαϊκό δάπεδο από επεξεργασμένους λίθους σε δεύτερη χρήση. Η ρηχή αυτή λεκάνη, ενσωματωμένη στο δάπεδο του Τεμένους, χρησίμευε πιθανότατα για τελετουργικό καθαρμό των λατρευτών που εισέρχονταν στο ιερό. Μια μεγάλη πέτρα από ασβεστόλιθο με σημάδια κατεργασίας, που βρίσκεται ακόμη στην αρχική της θέση, μπορεί να χρησίμευε ως βάση για ‘κέρατα καθοσιώσεως’ ή για τετράγωνο επίκρανο με βαθμιδωτές πλευρές. Και οι δύο αυτοί τύποι αναθηματικών μνημείων, κοινοί στα ιερά της Ύστερης Εποχής του Χαλκού στην Κύπρο, έχουν βρεθεί στην Παλαίπαφο. Τα καλύτερα διατηρημένα δείγματα είναι εκτεθειμένα απέναντι από τον τοίχο του Τεμένους. Εκτός από τη λεκάνη τελετουργικών καθαρμών και αναθηματικά μνημεία, το Τέμενος θα πρέπει να περιείχε και ένα ή περισσότερους βωμούς, ίχνη των οποίων δεν σώζονται.

Η Αίθουσα πιθανότατα στέγαζε το άδυτο του Ιερού της Ύστερης Εποχής του Χαλκού. Ο βόρειος και ο νότιος τοίχος της ήταν κτισμένοι με πελεκημένους λίθους (σώζονται μόνο οι χαμηλότερες κάτω σειρές του νότιου τοίχου). Μεταξύ αυτών των τοίχων, υπήρχαν δύο σειρές τετράγωνων βάσεων κατά μήκος της ανατολικής πλευράς και στο κέντρο του οικοδομήματος. Οι βάσεις στήριζαν τετράγωνους πεσσούς με επεξεργασμένες γωνίες. Ο πεσσός στο βόρειο άκρο της ανατολικής σειράς βρίσκεται ακόμη στη θέση του εδώ και περισσότερα από 3,000 χρόνια. Υπάρχουν σοβαροί λόγοι για να υποθέσει κανείς ότι η Αίθουσα ήταν κλεισμένη με συμπαγείς τοίχους στη δυτική και στη βόρεια πλευρά, ενώ η νότια και η ανατολική πλευρά ήταν ανοικτές. Σ’ ένα κυκλικό λαξευτό λάκκο μέσα στην Αίθουσα ήταν τοποθετημένος ένας σχεδόν ακέραιος αποθηκευτικός πίθος του 13ου ή του 12ου αιώνα π.χ., αξιοσημείωτος για τον ανάγλυφο διάκοσμο σε μια από τις λαβές του (τώρα είναι εκτεθειμένος στο Μουσείο της Παλαιπάφου). Ο πίθος και η ορθογώνια λεκάνη στα ανατολικά του, μπορεί να χρησίμευαν για λατρευτικούς σκοπούς.

Δεν βρέθηκαν κατάλοιπα κτισμάτων που να χρονολογούνται μεταξύ της Ύστερης Εποχής του Χαλκού και της Ρωμαϊκής περιόδου. Όπως φαίνεται, η ολοκληρωτική αναμόρφωση του Ιερού κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο, κατέστρεψε όλα τα κατάλοιπα προγενέστερων κτισμάτων σ’ ένα χώρο όπου ο βράχος βρίσκεται πολύ κοντά στην επιφάνεια. Υπάρχουν όμως άφθονες μαρτυρίες για την αδιάκοπη ζωή του Ιερού, τόσο στην αρχαία φιλολογία όσο και σε ευρήματα από το χώρο. Τα πιο αξιοσημείωτα είναι πολλές εκατοντάδες θραυσμάτων πήλινων αναθηματικών ειδωλίων της Αρχαϊκής και της Κλασσικής περιόδου, που βρέθηκαν πρόσφατα στην ανατολική πλευρά της Ρωμαϊκής περίστυλης οικίας που θα περιγραφεί πιο κάτω. Επίσης οι ανασκαφές δεν αποκάλυψαν ίχνη του τριμερούς οικοδομήματος που απεικονίζεται στα νομίσματα. Πιθανότατα αυτό το κεντρικό ιερό δεν ήταν κτίσμα με τοίχους και στέγη, αλλά μια υπόστεγη κατασκευή στηριζόμενη σε στύλους. Μια τέτοια ελαφριά κατασκευή δεν θα άφηνε ίχνη για τους μεταγενέστερους, μπορεί όμως να δώσει κάποια εξήγηση στην παράξενη αλλά επίμονη παράδοση για το βωμό της Αφροδίτης στην Πάφο.

Περίπου 40 μέτρα δυτικά του Ιερού ΙΙ ανασκάφηκαν, κατάλοιπα μιας μεγάλης Ρωμαϊκής Περίστυλης Οικίας. Κτίστηκε τον 1ο αιώνα μ.Χ. και ανακατασκευάστηκε κατά την Υστερορωμαϊκή περίοδο? τα δωμάτιά της περιβάλλουν περίστυλο αίθριο. Το μεγάλο υπαίθριο impluvium στο κέντρο καλύπτεται με απλό ψηφιδωτό. Τμήματα ψηφιδωτών δαπέδων με γεωμετρικά σχέδια διατηρούνται στο περιστύλιο και σε παρακείμενα δωμάτια.

Ακριβώς πίσω από το σύγχρονο τοίχο του περιστυλίου βορειοδυτικά της Περίστυλης Οικίας, ήρθαν στο φως περισσότερα κατάλοιπα Ρωμαϊκών κατοικιών. Πάνω από τα ερείπια αυτών των κατοικιών, κτίστηκε τον 16ο αιώνα η μικρή Βυζαντινή Εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Καταστράφηκε από πυρκαγιά τον 18ο αιώνα, αλλά το κάτω μέρος των τοίχων της αψίδας και του κεντρικού κλίτους σώζονται ακόμα και περιλαμβάνουν τμήμα ρωμαϊκού κίονα, που στήριζε την Αγία Τράπεζα. Γύρω από την εκκλησία, βρέθηκαν πολλές Βυζαντινές ταφές, στις οποίες οι νεκροί είχαν συνήθως ως κτέρισμα ένα κύπελλο εφυαλωμένης κεραμικής.

Κατάλοιπα ενός άλλου Ρωμαϊκού κτίσματος, που μαρτυρούν τον πλούτο της Παλαίπαφου κατά την Υστερορωμαϊκή περίοδο, αποκαλύφθηκαν σε απόσταση 120 μέτρων περίπου, βορειοδυτικά του Αγίου Νικολάου: πρόκειται για την ‘Οικία της Λήδας’ . Εδώ το ψηφιδωτό δάπεδο του triclinium (θερινή τραπεζαρία), που χρονολογείται στα τέλη του 2ου ή στις αρχές του 3ου αιώνα μ.Χ., βρέθηκε σχεδόν ολόκληρο. Μια κεντρική εικονογραφημένη σκηνή εξαιρετικής ποιότητας, που περιβάλλεται από ζώνες με γεωμετρικά σχέδια, εικονίζει τη Λήδα και τον Κύκνο σε ασυνήθιστη σύνθεση.