Το χωριό βρίσκεται κτισμένο στην τοποθεσία όπου βρισκόταν η Παλαίπαφος, έδρα του βασιλείου της Πάφου, ενός από τα πιο σημαντικά αρχαία βασίλεια της Κύπρου.
Ολόκληρη η περιοχή της κοινότητας περιλαμβανομένου και του χώρου που βρίσκονται κτισμένα τα σημερινά σπίτια του χωριού, αποτελεί σημαντικότατο αρχαιολογικό χώρο. Έχουν γίνει κατά καιρούς ανασκαφές που έφεραν στην επιφάνεια τον περίφημο ναό της Παφίας Αφροδίτης, κατάλοιπα των οχυρώσεων της Παλαίπαφου και διάφορα άλλα κινητά ευρήματα τα οποία βρίσκονται στο αρχαιολογικό Μουσείο που βρίσκεται στο χωριό και στεγάζεται στη μεσαιωνική έπαυλη στα νότια του χωριού.

Το χωριό υπήρχε κατά τα Βυζαντινά χρόνια και πρέπει να αποτελούσε ιδιοκτησία Βυζαντινού αξιωματούχου κουβικουλαρίου. Η λέξη κουβούκλιον σήμαινε νεκρικό θάλαμο, αλλά και τον κοιτώνα των Βυζαντινών αυτοκρατόρων. Οι σωματοφύλακες των Βυζαντινών αυτοκρατόρων που φρουρούσαν τον αυτοκρατορικό κοιτώνα ονομάζονταν κουβικουλάριοι και συχνά τους παραχωρούσαν τεμάχια γης στις επαρχίες ως ανταμοιβή για τις υπηρεσίες που πρόσφεραν. Τέτοιος κουβικουλάριος πιθανότατα έγινε κύριος του χωριού και ονομάστηκε Κου(βού)κλια. Συνεπώς αν τα Κούκλια δεν αποτελούσαν ιδιοκτησία κουβικουλάριου θα πρέπει να αποτελούσαν εξοχικά καταλύματα άλλων Βυζαντινών αξιωματούχων.

Το χωριό εξακολουθούσε, μέχρι και την περίοδο της Φραγκοκρατίας, να ονομάζεται Κουβούκλια, αντί του συντομευμένου Κούκλια. Ο Ντε Μας Λατρί αναφέρει ότι κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας το χωριό ήταν μεγάλο βασιλικό κτήμα στο οποίο εκαλλιεργείτο ζαχαροκάλαμο. Το ότι το χωριό αποτελούσε σημαντικό φέουδο αποδεικνύεται και από την μεγάλη μεσαιωνική έπαυλη των Κουκλιών.

Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας τα Κούκλια θα κατασχεθούν από τον νέο κατακτητή και θα αποτελέσουν τσιφλίκι.