Οι κάτοικοι της Πάφου και ιδιαίτερα των Κουκλιών, λάτρευαν μια θεά της γονιμότητας η οποία προστάτευε την ζωή. Την παρίσταναν σαν μια γυναίκα με εμφανή τα χαρακτηριστικά της μητρότητας. Κατασκεύαζαν από πέτρα ή πηλό, ειδώλια αυτής της θεάς , μερικά πιο μεγάλα σαν αντικείμενα λατρείας, άλλα πιο μικρά, που φορούσαν οι γυναίκες στο λαιμό τους σαν φυλακτά και άλλα που τοποθετούσαν στους τάφους για να προστατεύσουν τους νεκρούς. Έτσι φαίνεται ότι η λατρεία μιας θεάς της γονιμότητας εμφανίστηκε πρώτα στην περιοχή της Πάφου. Ο μύθος που λέγει ότι η Αφροδίτη γεννήθηκε στις ακτές της, ίσως αναφέρεται στη λατρεία της θεάς , η οποία άρχισε να λατρεύεται εδώ.

Η λατρεία αυτής της θεάς γίνεται περίλαμπρη ιδίως από τον 12ον αιώνα π.χ. Φαίνεται ότι ήδη πριν την άφιξη των Αχαιών, η Παλαίπαφος ήταν μια πλούσια πόλη με ένα πλούσιο ιερό της θεάς. Ο βασιλιάς Κινύρας της Πάφου ήταν, όπως λέγει η παράδοση, πάμπλουτος και ήταν συνάμα ιερέας της Αφροδίτης. Αλλά υπάρχει και άλλη παράδοση που λέγει ότι ο Αγαπήνωρας, βασιλιάς της Τεγέας της Αρκαδίας, ήρθε στην Πάφο μετά τον Τρωϊκό πόλεμο και ίδρυσε και την πόλη και το ιερό της θεάς Αφροδίτης. Φαίνεται ότι οι Έλληνες εντυπωσιάστηκαν από το μεγαλείο της θεάς της Πάφου και πραγματικά της έκτισαν ένα μεγαλοπρεπή ιερό, από το οποίο σώθηκαν αρχιτεκτονικά κατάλοιπα.

Την λάτρευαν στο ιερό της. Δεν κτίστηκε ποτέ ναός προς τιμή της, αλλά το ιερό ήταν υπαίθριο, περικυκλωμένο από τείχη, κλειστό με λαμπερές πόρτες, όπως λέγει και ο Όμηρος. Η θεά δεν λατρευόταν στη μορφή αγάλματος, αλλά σε μορφή κωνικής πέτρας. Οι αρχαίοι το αναφέρουν σαν κάτι το παράξενο «μια πυραμίδα άσπρη της οποίας το υλικό δεν γνωρίζουμε». Οπωσδήποτε αυτή η συμβολική πέτρα υπήρχε στον τόπο αυτό από πανάρχαια εποχή. Η λατρεία των στητών λίθων είναι γνωστή στις ανατολικές θρησκείες. Ίσως είναι οι στητοί βράχοι στην τοποθεσία «Πέτρα του Ρωμιού» που έδωσαν αφορμή να δημιουργηθεί ο μύθος ότι γεννήθηκε εκεί η Αφροδίτη.

Είναι αυτή η μυστηριώδη κωνική πέτρα που βρέθηκε κοντά στο ιερό και εκτίθεται σε μια αίθουσα του μουσείου των Κουκλιών, με την διαφορά ότι είναι μαύρη ενώ οι αρχαίοι την περιέγραφαν σαν άσπρη. Ίσως ήταν ασπρισμένη και στολισμένη. Έμεινε στο ιερό ως τη Ρωμαϊκή εποχή, στημένη στο μεσαίο μέρος ενός τριμερούς ανοικτού κτιρίου. Στο χώρο του ιερού βρισκόταν ο βωμός της θεάς, φημισμένος κιόλας στην εποχή του Ομήρου σαν βωμός θυμιατισμένος. Λέγεται ότι, σαν από θαύμα ο βωμός της θεάς δεν βρεχόταν ποτέ από τη βροχή.

Υπήρχαν επίσης κολώνες αναθηματικές, με σύμβολα σαν τα κέρατα του ταύρου, και στήλες σε σχήμα δέντρου ζωής. Θα υπήρχαν και διάφορα κτίρια για τις ανάγκες του ιερού, όπου ζούσαν ίσως η ιέρεια της θεάς με τις ιερόδουλες της.

Είναι πιθανόν ότι υπήρχε ένας ιερός κήπος από τον οποίο έχει πάρει το όνομά του το χωριό της Γεροσκήπου. Πρέπει να φανταστούμε ίσως ένα μέρος του ιερού σαν ένα κήπο με δένδρα και θάμνους σαν την μυρσίνη, αφιερωμένα στην Αφροδίτη, όπου πετούσαν πουλιά σαν τα περιστέρια που ήταν τα αγαπημένα πουλιά της. Παραστάσεις πάνω σε αγγεία μας δείχνουν ιερόδουλες ανάμεσα σε θάμνους, άνθη και πουλιά.

Η θεά λατρευόταν ως εξής: ένας ιερέας διεύθυνε τις τελετές . Σαν πρώτος ιερέας αναφέρεται ο μυθικός Κινύρας. Οι απόγονοι του συνέχισαν να είναι ιερείς και θάβονταν στο ιερό της θεάς. Ξέρουμε επίσης ότι οι βασιλιάδες της Πάφου, ήταν και ταυτόχρονα ιερείς.

Ίσως αυτοί οι ιερείς τελούσαν τον «ιερό γάμο», όπως γινόταν στις ανατολικές θρησκείες προς τιμή της Αστάρτης. Δηλαδή μια μέρα του χρόνου ο ιερέας τελούσε ένα γάμο με την ιέρεια ώστε να εξασφαλίζει για τον ερχόμενο χρόνο άφθονη γονιμότητα της γης και των ανθρώπων.

Θα υπήρχε και μια ιέρεια της θεάς που ζούσε ίσως στο ιερό. Μπορούμε να σχηματίσουμε μια ιδέα από την εμφάνισή της, από τερρακότες της Αρχαϊκής εποχής, που παρουσιάζουν μια γυναίκα, πλούσια στολισμένη. Είναι η θεά που αντιπροσωπεύεται από την ιέρεια της.

Η λατρεία της Αφροδίτης ήταν ιδιαίτερα λαμπρή και φημισμένη στην αρχαϊκή εποχή. Θρησκευτικές τελετές είναι ζωγραφισμένες με πολλές λεπτομέρειες πάνω σε αμφορείς, οινοχόες και μπρούνζινα αγγεία.

Για τις προσφορές στην Αφροδίτη έχουμε πληροφορίες από αρχαίους συγγραφείς. Φαίνεται ότι οι προσφορές από μύρα ευωδιασμένα, καπνό λιβανωτό ή βάλσαμο, ήταν ευπρόσδεκτες. Οι πιστοί έφερναν επίσης πίττες από αλεύρι και λάδι και έκαμναν σπονδές από μέλι. Πρόσφεραν κλαδιά από δένδρα ευάρεστα στην θεά, όπως η μυρσίνη και άνθη, ανεμώνες και τριαντάφυλλα, διότι βλάστησαν από το αίμα του Άδωνη και τα δάκρυα της Αφροδίτης.

Όσον αφορά τις θυσίες ζώων, δεν συμφωνούν όλες οι πληροφορίες. Μερικοί λένε ότι ο βωμός της θεάς δεν βρεχόταν με αίμα. Μερικοί υποστήριζαν ότι δεν θυσιάστηκε ποτέ χοίρος στην Αφροδίτη, διότι τους σιχαινόταν, αφού σκοτώθηκε ο Άδωνης από αγριόχοιρο. Άλλοι επέμεναν ότι θυσίαζαν και χοίρους στη θεά. Οι πιστοί αφιέρωναν τερρακότες που παρουσίαζαν λάτρεις ή τη θεά την ίδια, είτε στη μορφή αξιοπρεπούς γυναίκας πλούσια ντυμένης, είτε σε μορφή γυμνής Αστάρτης. Άλλοι αφιέρωναν στήλες με επιγραφές, αγάλματα, πολύτιμα δώρα, χρυσάφι. Ξέρουμε ότι το ιερό της Αφροδίτης ήταν πολύ πλούσιο. Οι ρωμαίοι πήραν πολλούς από τους θησαυρούς του στην Ρώμη.

Οι Πτολεμαίοι και οι Ρωμαίοι, για να δώσουν ιδιαίτερη αίγλη στο ιερό, προσπάθησαν να εισαγάγουν την λατρεία των αυτοκρατόρων και άλλων θεών. Τα νομίσματα της εποχής δείχνουν το ιερό με την κωνική πέτρα ακόμη στην θέση της.

Κάθε χρόνο, άντρες και γυναίκες από όλη την Κύπρο διοργάνωναν αγώνες μουσικούς, θεατρικούς, ποιητικούς και αθλητικούς, από το λιμάνι της Νέας Πάφου ως την Παλαίπαφο. Η θεά λατρεύτηκε για πολλούς αιώνες στην Παλαίπαφο, διότι γνώριζαν οι άνθρωποι ότι είχε τεράστια δύναμη και ότι έδινε ζωή και χαρές, αλλά ότι μπορούσε να είναι και μοχθηρή εάν δεν την σεβόντουσαν.

Η λατρεία της θεάς έχασε την αίγλη της με την άνοδο του Χριστιανισμού. Από τον 2ον αιώνα μ.χ. άρχισαν να εγκαταλείπουν τους βωμούς της θεάς. Οι μεγάλοι σεισμοί του 4ου αιώνα μ.χ. κατέστρεψαν το ιερό. Με το οικοδομικό υλικό των ειδωλολατρικών κτιρίων, έκτισαν μεγαλοπρεπείς βασιλικές.
Ήταν το τέλος μιας μεγάλης λατρείας του αρχαίου κόσμου.